Nejstarším zachovaným dokladem prokazujícím přítomnost evangelíků Lysé je česky psaná “Postilla Ewangelicka”, vydána r. 1602 v Opavě. Po 160 let násilné rekatolizace ji v Lysé n.L. uchovával rod Tržických, který se po vydání tolerančního patentu přihlásil k Evangelické církvi. Dochovaná Postilla dokládá přímou návaznost lyského sboru na předbělohorské evangelictví. Kralická Bible z r. 1722, tzv. “špalíček”, v držení téhož rodu, zase vypovídá o napojení tajných lyských evangelíků na distribuční síť zahraničních kolportérů evangelické literatury. Ozbrojená vzpoura, která na lysku vypukla při zavádění rekatolizace, v roce 1625, naznačuje, že zde byl evangelický živel početně silně zastoupen. Když se k městu roku 1628 blížilo císařské vojsko, které mělo vzpouru potlačit, lysští evangelíci zapálili své domy a uprchli z vlasti. Julius Zeyer zpracovává tuto událost v jedné ze svých básní: “Nová Lysá, město věrné víře svých otců, právům svatým...”
Neodešli však všichni. Pozoruhodné jsou protokoly soudních výslechů devíti tajných evangelíků z 25. září 1747. Podnět k rozsáhlému vyšetřování zavdalo udání třiatřicetileté Anny Riegelové. Ta podle tvrzení udavače řekla: “Oběť mše svaté tak platná jest, jako když zhynulému koni ovsa do huby nasypá.” Z dochovaných dokumentů vyplývá, že podání bylo učiněno páteru Koniášovi, který v tu dobu v Lysé pobýval na takzvaných misiích, jejichž cílem bylo vyhledávat tajné evangelíky a přivádět je zpět do katolické církve. Při následných domovních prohlídkách dalších podezřelých bylo u osmi z nich nalezeno celkem sedmnáct luterských knih. V březnu 1748 byli všichni vyšetřovaní odsouzeni. Část “k obecnému dílu v okovech a poutech”, část byla odvedena do armády. Všichni pak museli veřejně vyznat (někteří už po několikáté) katolickou víru v místním kostele. Příjmení těchto odsouzených se pak po 35 letech objevují na seznamu zakládajících členů lyského evangelického sboru. V roce 1748 byl pro podezření z luterství uvězněn mimo tuto skupinu ještě Bernard Horáček, jemuž se však z vězení podařilo utéci. V roce 1752 byla z téhož důvodu uvězněna Judita Peřinová a Kateřina Dvořáková.
Po vyhlášení Tolerančního patentu 13. října 1781 se tajní evangelíci z Lysé a okolí hromadně hlásili k víře svých předků před vrchnostenskou komisí. Toto přihlášení však bylo dodatečně prohlášeno za nedostatečné. Ti, kteří chtěli opustit římskokatolickou církev a stát se před zákonem evangelíky, museli v průběhu r. 1782 absolvovat individuální pohovory před komisí, před níž museli zdůvodnit své rozhodnutí. Od počátku roku 1783 musel každý přestupující absolvovat tzv. "šestinedělní cvičení", při kterém se katolický farář pokoušel jeho úmysl zvrátit.
Prvním kazatelem tehdy Reformovaného sboru helvetského vyznání se stal Maďar Josef Szalay. Císařsko-královský krajský úřad ho v jeho funkci potvrdil k 6.7. 1783. Bydlel u měšťana Jana Vodňanského v čp. 122. V jeho stodole se rovněž konaly až do postavení kostela bohoslužby. Sborová kronika zmiňuje Szalayovy literární kontakty s Václavem M. Krameriem. 6. května 1784 byl kvůli nevoli katolického obyvatelstva, které se bránilo pochovávání
evangelíků na svém hřbitově, sboru přidělen Krajským úřadem pozemek na zřízení vlastního hřbitova. Ještě tentýž měsíc na něm byl pochován farář Josef Szalay. V prosinci 1784 se stává druhým lyským farářem Štěpán Rimány. Jeho předním úkolem byla stavba kostela. 28. června 1787 byl položen jeho základní kámen. 20. prosince 1789 se konaly v dosud neomítnutém chrámě první bohoslužby. Do r. 1803 se v kostele pouze stálo.
Fara byla upravena ze staršího domku stojícího nedaleko kostela. Jejím prvním obyvatelem se stal r. 1794 farář Jan Wégh. Fara byla velice stísněná. Roku 1829 byly do kostela pořízeny varhany. Tragickým dnem se stal pro chrám 8.červenec 1837. Při velkém požáru, při němž lehlo v Lysé popelem 50 domů, byl ohněm zachvácen i kostel. (Fara zůstala ušetřena.) Dílo zkázy dokončily lijáky, po kterých se v kostele propadl strop a zničil vnitřní zařízení. Mimořádným finančním i pracovním nasazením se však podařilo ještě téhož roku kostel včetně varhan opravit.
Nové možnosti se před sborem otevřely po vydání Protestantského patentu v r. 1861. Ten zrušil diskriminační toleranční předpisy a zrovnoprávnil evangelické církve s církví římskokatolickou. Roku 1864 zakoupil sbor dům na dnešním náměstí B. Hrozného. V něm zřídil novou faru a založil konfesní školu. Tímto způsobem se dostal z periferie do centra města. Na této "nové" faře se r. 1879 narodil faráři Václavu Hroznému nejvýznamnější lyský rodák, orientalista a rektor Karlovy univerzity, Bedřich Hrozný.
Spolek studentů historie FF UK sepsal o našem Bedřichu Hrozném:
V brzkých ranních hodinách 17. listopadu 1939 přepadli příslušníci gestapa a SS vysokoškolské koleje v Praze a v Brně a pozatýkali několik tisíc českých vysokoškoláků. Ještě ten den jich více než dvanáct set odvezli do koncentračního tábora Sachsenhausen a devět studentských představitelů popravili. České vysoké školy byly uzavřeny a jejich budovy obsazeny hned ráno. Jediný, kdo se tomu postavil na odpor, byl rektor Univerzity Karlovy prof. Bedřich Hrozný. Jeden ze studentů (očitý svědek přepadení budovy právnické fakulty) to popsal takto "Venku před fakultou začala brzdit nákladní auta, začaly se ozývat německé povely a dupot okovaných bot. Běželi jsme se s kolegy podívat dolů do haly, kde stál profesor Hrozný a děkan doktor Wenig proti několika desítkám ozbrojených mužů, kteří vbíhali do budovy, kde začali zatýkat studenty. Profesor Hrozný na ně zakřičel "Halt und sofort hinaus! Hinaus! Der Kommandant soll bei mir melden!" Vojáci se zastavili a poslali pro svého velitele. Profesor Hrozný na něj čekal už před vchodem do budovy na schodech. Vysoký, v černých šatech, ruce založené na prsou, důstojný jako univerzita sama. "Jsem rektor Univerzity Karlovy. A vy stojíte na akademické půdě. Podle všech platných zákonů sem nesmí nikdo vstoupit bez mého svolení. Ani policie, ani vojsko. Jste vojáci, pánové , a jako takoví musíte ctít zákony. Odejděte." Důstojník zasalutoval a vojáci skutečně odjeli." Když se vojáci za několik hodin vrátili i s povolením ke vstupu a dekretem o uzavření vysokých škol, nenašli na právnické fakultě už nikoho...
Dnešní podobu dala kostelu zásadní přestavba, k níž došlo r. 1907 za faráře Karla Hadače. Projektovou dokumentaci připravil architekt Pruckner z Nymburka, realizaci provedli členové sboru. Ze stejné doby pochází i budova nové konfesní školy. V roce 1918 se dosud Reformovaný sbor helvetského vyznání v Lysé n.L. stal součástí Českobratrské církve evangelické, v níž se spojily sbory Reformované církve se sbory Luterské církve. V roce 1930 se od něj oddělila část západní diaspory, která vytvořila sbor v Brandýse n.L.
Na počátku šedesátých let bojoval sbor velký zápas o uchování vyučování náboženství ve školách. Proti obžalobám z "nevědeckosti a tmářství", stejně jako proti výhrůžkám, že se účastníci náboženské výuky nedostanou na studia, farář protestoval. Odvahu prokázali i někteří rodiče. Jaroslav Tuláček například podal písemné prohlášení, že mu bylo ve škole vyhrožováno. Božena Férová zase odpověděla na argument pana řídícího, "my učíme děti něco jiného než je učí farář", zemitým "tak je to neučte".
Místem dalšího střetu s vládnoucí mocí se stala skupina mládeže. Téměř všichni, kteří ji v polovině šedesátých let tvořili, prošli výslechy na státní bezpečnosti. Důvodem bylo "podezření z protistátní činnosti". V této době se stala mottem celého sboru slova husitské písně "Kristus vám za škody stojí". Vedle stresových situací se však dostavovaly i radostné chvíle. V roce 1962 se začaly konat jednou měsíčně bohoslužby v Benátkách n.J., ve kterých sbor získal po Čelákovicích druhou kazatelskou stanici.
Situaci po roce 1968 ilustrují počty dětí přihlášených na náboženství. V roce 1969 jich bylo 48, o rok později 18, o další rok později 9. V roce 1977 byla náboženská výuka přenesena ze školy na faru. Na počátku sedmdesátých let několik lidí nezávisle na sobě přiznalo, že mají za úkol informovat o dění ve sboru státní bezpečnost. V roce 1977 MěNV rozhodl zrušit evangelický hřbitov a změnit jej v městský park. Sbor odtud přenesl několik náhrobních kamenů do svého areálu a umístil je poblíž kostela. Je mezi nimi i obelisk Bedřicha Hrozného. V roce 1987 byly opraveny fasády všech budov včetně kostela. Většina prací byla provedena svépomocí.
V listopadu 1989 se někteří členové sboru zapojili do "Občanského fóra". Sbor obnovil tradici veřejných shromáždění na památku M. J. Husa, pořádá pravidelné autobusové zájezdy a opět zahájil výuku náboženství ve školách. Do sboru začali přicházet lidé, kteří nevyrostli v křesťanské tradici. Novým jevem se staly návštěvy zahraničních hostů, které dříve vzhledem k nedaleko ležícím přísně střeženým Milovicím nebyly možné.
V roce 1996 ve sboru nastoupil farář Emanuel Vejnar (foto vlevo). Na počátku jeho působení byla na základě křestních matrik provedena rekonstrukce sborové kartotéky. Bylo při ní dohledáno cca 150 do té doby ztracených osob. V r. 1996 byly navázány kontakty se sborem Reformované církve v holandském Zeddamu. Od roku 1997 do roku 2003 pracovala jáhenka Támar Vejnarová se skupinou dětí slovenských a potom olašských Romů.
V současné době slouží v Českobratrské církvi evangelické 5 farářů odchovaných v našem sboru. Jsou to Tomáš Molnár, Renata Šilarová, Lenka Freitingerová, Martin Fér a Tabita Landová. Areál sboru se stal k 1. 9. 2003 součástí městské památkové zóny a k 26. 10. 2005 byl vyhlášen kulturní památkou (rejstříkové číslo 101 639). 1.9.2016 nastoupil farář Vejnar do důchodu. Sbor poté administrovala Mgr. Miloslava Hofmanová. Od 1. 6. 2018 je farářem našeho sboru Mgr. Lukáš Pešout.
• Staré časy v Nové Lysé (povídka z Lysé)
• Julius Zeyer - báseň 1628
• Výslechy "kacířů" (1747)
• Toleranční přihlášky sboru Lysé n.L.